Liên hiệp hội Khoa học được thành lập theo Quyết định số 483 TC/UBTH ngày 12/4/1994 của UBND tỉnh Thanh Hóa. Kể từ đó đến nay, ngày 28/10 hằng năm được lấy làm ngày kỷ niệm thành lập Liên hiệp hội.

Trải qua 30 năm xây dựng và phát triển, đã đạt được những kết quả đáng ghi nhận, góp phần tích cực, ngày càng hiệu quả vào sự nghiệp phát triển tỉnh nhà, từng bước khẳng định được vị trí, vai trò là tổ chức chính trị - xã hội của đội ngũ trí thức KH&CN Thanh Hóa.

Từ một tổ chức hội ngày đầu thành lập chỉ có 6 hội thành viên, với hơn 8.000 cán bộ, hội viên (năm 1994) đến nay Liên hiệp hội Khoa học đã có 34 hội thành viên (gồm 32 hội chuyên ngành cấp tỉnh và 2 hội khoa học kỹ thuật cấp huyện); 4 trung tâm KH&CN trực thuộc Liên hiệp hội, 10 trung tâm KH&CN và 2 doanh nghiệp trực thuộc các hội thành viên. Đến nay, số lượng cán bộ, hội viên trong toàn hệ thống Liên hiệp hội đã vượt trên 25.000 người.

Từ năm 2008 đến nay, trí thức, nhà khoa học, cán bộ quản lý trong các hội chuyên ngành của Liên hiệp hội đã chủ trì và tham gia thực hiện hàng trăm nhiệm vụ KH&CN các cấp. Các đề tài, dự án KH&CN đều bám sát yêu cầu phát triển của tỉnh, của ngành, góp phần giải quyết những yêu cầu bức thiết của thực tiễn; nhiều đề tài, dự án có giá trị, góp phần phát triển nông nghiệp nông thôn, nâng cao năng lực cộng đồng, xóa đói giảm nghèo và thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế; đặc biệt ở các vùng khó khăn, vùng sâu, vùng xa.

Giai đoạn 2019-2024, Liên hiệp hội khoa học đã đề xuất và được Chủ tịch UBND tỉnh giao phản biện 50 nhiệm vụ là các chương trình, đề án, kế hoạch, quy hoạch, dự án, chính sách thuộc các lĩnh vực kinh tế, văn hóa, KH&CN, giáo dục và đào tạo, chăm sóc sức khỏe Nhân dân, bảo vệ môi trường. Hoạt động tư vấn, phản biện và giám định xã hội của Liên hiệp hội và các hội thành viên đã từng bước trở thành một kênh thông tin đáng tin cậy giúp các sở, ngành, cơ quan, đơn vị, cơ quan tham mưu, giúp việc được giao chuẩn bị hoàn thiện các chương trình, đề án, chính sách trình lãnh đạo tỉnh xem xét quyết định.

Từ khi thành lập đến nay, Liên hiệp hội đã phối hợp với các đơn vị liên quan tổ chức thành công 13 lần Hội thi Sáng tạo kỹ thuật cấp tỉnh và tham gia hội thi toàn quốc; tổ chức thành công 22 lần cuộc thi Sáng tạo thanh thiếu niên, nhi đồng cấp tỉnh; tổ chức phát động, lựa chọn công trình tham gia Giải thưởng sáng tạo khoa học công nghệ Việt Nam.

Với những thành tích đó, Liên hiệp hội đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý như: Đảng, Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhì, hạng Ba; Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ; Liên hiệp hội Việt Nam và UBND tỉnh.

Tại buổi lễ, thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ, Phó Chủ tịch UBND tỉnh, Chủ tịch Hội đồng KH&CN tỉnh Thanh Hóa Lê Đức Giang trao Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ cho Liên hiệp hội khoa học đã có thành tích trong công tác năm 2018-2022 góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.

2 tập thể, 4 cá nhân được nhận Bằng khen của Chủ tịch UBND tỉnh.

Liên hiệp hội Việt Nam đã tặng Kỷ niệm chương “Vì sự nghiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật” cho 15 cá nhân thuộc Liên hiệp hội khoa học có thành tích xuất sắc; Liên hiệp hội Thanh Hóa tặng Giấy khen cho 4 tập thể và 13 cá nhân có thành tích xuất sắc.