Trước khi sáp nhập, Sở Nông nghiệp và Môi trường TP Cần Thơ (cũ), tỉnh Sóc Trăng và Hậu Giang (cũ) đã tổ chức và duy trì các trạm chuyên môn từ Sở đến cấp huyện (cũ) trực thuộc các chi cục của ngành Nông nghiệp và Môi trường. Cụ thể là Trạm Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, Trạm Khuyến nông, Trạm Thủy lợi, Trạm Chăn nuôi và Thú y…

Tuy nhiên, sau khi sáp nhập tỉnh, thành phố và thực hiện chỉ đạo của Ban Chỉ đạo về hợp nhất, sáp nhập đơn vị hành chính, Sở Nông nghiệp và Môi trường chỉ duy trì các trạm đặt tại cấp huyện, cấp xã trước đây thuộc ngành Chăn nuôi và Thú y.

Đối với các Trạm Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, Trạm Khuyến nông, Trạm Thủy lợi, thành lập Trung tâm Dịch vụ nông nghiệp cung ứng dịch vụ sự nghiệp công theo khu vực liên xã, phường phù hợp với điều kiện thực tế, đặc điểm của từng địa bàn, trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường. Việc hợp nhất các trạm này thành một đơn vị duy nhất sẽ tạo thuận lợi cho ngành trong việc quản lý, chỉ đạo và theo dõi.

Riêng đối với hệ thống Trạm Chăn nuôi và Thú y được tổ chức lại theo mô hình khu vực liên xã, phường, với tổng số 28 khu vực trên địa bàn thành phố.

Theo Sở Nông nghiệp và Môi trường TP Cần Thơ, đặc thù ngành Chăn nuôi và Thú y có nhiệm vụ quan trọng trong việc ngăn chặn dịch bệnh xâm nhập trên gia súc, gia cầm, thông qua các tuyến đường liên tỉnh. Do đó, các trạm chuyên môn thuộc lĩnh vực này bắt buộc phải duy trì, việc này cũng phù hợp với Luật Chăn nuôi và Thú y.