Ngoài ra, thanh tra chuyên ngành của các sở, ngành cũng đã ra quyết định xử phạt hành chính 391 cá nhân, 269 tập thể, tổ chức, với số tiền xử phạt gần 12 tỷ đồng.

Thanh tra các huyện thị, thành phố cũng triển khai 218 cuộc, nội dung tập trung chủ yếu các lĩnh vực như quản lý đất đai, ngân sách Nhà nước, đầu tư xây dựng, quản lý thu chi tài chính của các trường… Qua thanh tra đã phát hiện sai phạm với số tiền gần 3,29 tỷ đồng. Trong đó đã xử lý hành chính 22 tổ chức và 62 cá nhân.

Thông qua việc rà soát, kiểm tra, thanh tra các vụ việc cho thấy, thanh tra chuyên ngành và thanh tra một số huyện chưa kịp thời phát hiện, chưa nghiêm túc, chưa kiên quyết trong xử lý và ngăn chặn vi phạm của tổ chức, cá nhân thuộc lĩnh vực của ngành phụ trách.

Việc kiểm tra của cấp trên đối với cấp dưới là khâu hạn chế và kết quả khắc phục chưa cao. Việc tự kiểm tra, phát hiện tham nhũng thông qua giải quyết tố cáo hiệu quả thấp. Đó là những thực trạng còn tồn tại của thanh tra chuyên ngành và thanh tra cấp huyện.

Cùng với đó, chất lượng kiểm tra, thanh tra chuyên ngành còn nhiều hạn chế, nhiều vi phạm về quản lý xây dựng, vi phạm pháp luật về đất đai, bảo vệ môi trường diễn ra trong thời gian dài nhưng chậm được xử lý. Công tác tổ chức thanh tra lĩnh vực kinh tế xã hội của một số đơn vi thanh tra cấp huyện và thanh tra chuyên ngành số lượng còn ít, chất lượng chưa cao.

Hoạt động thanh tra, kiểm tra chuyên ngành vẫn còn tình trạng chồng chéo, trùng lắp; sự phối hợp giữa các cơ quan có chức năng thanh tra, kiểm tra chưa chặt chẽ. Việc phát hiện tham nhũng ở các địa phương chủ yếu qua công tác thanh tra, điều tra, truy tố xét xử cũng như qua phát hiện của báo chí, qua dư luận xã hội.