Qua thanh tra, Công ty Thái Sơn đã chấp hành kê khai, nộp thuế, tuy nhiên vẫn còn những tồn tại như kê khai sai thuế suất, thiếu tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu ra, khai sai thuế GTGT đầu vào được khấu trừ dẫn đến thiếu tiền thuế GTGT phải nộp và giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ năm 2023.

Về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Công ty Thái Sơn còn hạch toán chi phí tiền lương cho người lao động nhưng không đầy đủ hồ sơ theo quy định tại điểm a, mục 2.6, khoản 2, Điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính; chi phí sửa chữa xe nhưng không có hồ sơ, chứng từ dẫn đến thiếu tiền thuế TNDN phải nộp.

Theo đó, Cục Thuế Thanh Hóa yêu cầu Công ty Thái Sơn chấn chỉnh ngay những tồn tại đã nêu ở trên và điều chỉnh số liệu kê khai, điều chỉnh sổ sách kế toán và các tài khoản có nội dung liên quan ngay sau khi nhận được biên bản kết luận thanh tra để làm cơ sở kê khai, hạch toán cho kỳ sau.

Đoàn thanh tra đề nghị Cục Thuế Thanh Hóa truy thu thuế, tiền phạt và tiền chậm nộp là 330.479.062 đồng. Trong đó, truy thu thuế GTGT 29.782.000 đồng; truy thu thuế TNDN 228.704.000 đồng; giảm thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cuối kỳ năm 2023 số tiền 15.680.000 đồng; tiền phạt khai sai mức 20% trên số thuế tăng thêm qua thanh tra số tiền 51.697.200 đồng; tiền phạt vi phạm hành chính về hành vi khai sai nhưng chưa dẫn đến thiếu tiền thuế GTGT phải nộp số tiền 6.500.000 đồng; tiền chậm nộp tiền thuế, số tiền 13.795.862 đồng; tiền chậm nộp thuế GTGT số tiền 3.641.404 đồng; tiền chậm nộp thuế TNDN số tiền 10.154.458 đồng.

Cục Thuế Thanh Hóa yêu cầu Công ty Thái Sơn nộp tiền thuế, tiền phạt vi phạm hành chính, tiền chậm nộp tiền thuế vào tài khoản của Chi cục Thuế khu vực thị xã Bỉm Sơn - Hà Trung mở tại Kho bạc Nhà nước thị xã Bỉm Sơn tỉnh Thanh Hóa khi có quyết định xử lý của Cục Thuế.

Việc thanh tra dựa trên cơ sở sổ sách, hoá đơn chứng từ Công ty Thái Sơn cung cấp, đoàn thanh tra không thực hiện xác minh các số dư đầu kỳ, cuối kỳ trên báo cáo tài chính; các hoá đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra, các chứng từ thanh toán, công nợ phải thu, phải trả; không kiểm kê hàng tồn kho; quỹ tiền mặt.

Do đó, Công ty Thái Sơn phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của chứng từ, số liệu đơn vị đã hạch toán và cung cấp cho đoàn thanh tra. Đoàn thanh tra không lưu bất cứ tài liệu nào của công ty. Nếu sau thanh tra có phát sinh các tài liệu, hồ sơ khác làm ảnh hưởng đến số liệu thanh tra, hoặc cơ quan chức năng khác thanh tra, phát hiện công ty khai báo, cung cấp hồ sơ, thông tin không đúng, không đầy đủ, Công ty Thái Sơn phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật.