Dự án được UBND thành phố Ninh Bình phê duyệt tại Quyết định số 1686/QĐ-UBND ngày 15/9/2008 và phê duyệt lại theo Quyết định số 1092/QĐ-UBND ngày 18/9/2009, với tổng mức đầu tư sau điều chỉnh là 77.022 triệu đồng. Nguồn vốn từ tiền đấu giá quyền sử dụng đất khu đô thị mới phố Phúc Trì (không quá 35% tổng thu); thời gian thực hiện 2008-2010.

Đến thời điểm thanh tra, giá trị khối lượng hoàn thành đạt 65.128,815 triệu đồng (trên 92% dự toán). Lũy kế vốn đã cấp và giải ngân là 61.276 triệu đồng; nợ xây dựng cơ bản 3.852 triệu đồng; số vốn còn thiếu so với tổng mức đầu tư là 15.746 triệu đồng. Tuy vậy, hàng loạt khối lượng thuộc tuyến đường NB5 và san lấp Lô số 5, số 6 vẫn chưa thể triển khai do vướng GPMB.

Kết quả thanh tra cho thấy công tác lựa chọn nhà thầu không tuân thủ quy định: hồ sơ mời thầu và kết quả đấu thầu gói thầu xây lắp đều không có báo cáo thẩm định của cơ quan có thẩm quyền, vi phạm Điều 15 Nghị định 58/2008/NĐ-CP và Điều 40 Luật Đấu thầu 2005. Trách nhiệm thuộc Ban Quản lý dự án tạo nguồn vốn xây dựng cơ sở hạ tầng thành phố Ninh Bình và UBND thành phố Ninh Bình.

Cùng với đó, công tác GPMB tại Lô số 5, Lô số 6 và tuyến đường NB5 (khu Đền và Nghĩa trang nhân dân Phúc Trì) chưa được lập, thẩm định và phê duyệt phương án bồi thường theo Khoản 2 Điều 69 Luật Đất đai 2013. Đây là nguyên nhân trực tiếp làm dự án chậm kéo dài trong nhiều năm. Trách nhiệm liên quan thuộc Ban Quản lý dự án tạo nguồn vốn xây dựng cơ sở hạ tầng thành phố Ninh Bình, UBND thành phố và các tổ chức liên quan.

Trong khâu quy hoạch, thẩm định, các đơn vị tư vấn và thẩm định không đánh giá được khả năng thực hiện GPMB khu vực Đền và Nghĩa trang Phúc Trì. Khi phát sinh khó khăn, Ban Quản lý dự án cũng không kịp thời báo cáo cấp có thẩm quyền để xem xét điều chỉnh dự án cho phù hợp với thực tế.

Một trong những sai sót nghiêm trọng được Thanh tra tỉnh chỉ rõ là việc nghiệm thu, thanh toán gói thầu xây lắp không đúng hồ sơ bản vẽ thiết kế, dự toán và thực tế thi công. Tổng số tiền sai phạm phát hiện là 1.264,4 triệu đồng, gồm: không trừ khối lượng đất tận dụng ở hạng mục cống thoát nước và cấp nước 881,8 triệu đồng; khối lượng san lấp vượt so với thiết kế 382,6 triệu đồng.

Đây là hành vi vi phạm quy định tại Điều 113 Luật Xây dựng 2014 về quản lý chất lượng công trình. Trách nhiệm liên quan thuộc Ban Quản lý dự án tạo nguồn vốn xây dựng cơ sở hạ tầng thành phố Ninh Bình; Công ty TNHH Đầu tư xây dựng và phát triển Xuân Thành; Công ty TNHH Tư vấn xây dựng và phát triển HT và các cá nhân tham gia nghiệm thu.

Trên cơ sở kết quả thanh tra, Thanh tra tỉnh đề nghị Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình dân dụng và công nghiệp tỉnh Ninh Bình phối hợp địa phương đánh giá khả năng tiếp tục thực hiện GPMB. Trường hợp GPMB không khả thi, phải báo cáo UBND tỉnh và cơ quan liên quan để chấm dứt dự án và quyết toán công trình, tránh kéo dài, lãng phí nguồn lực.