Theo kết luận thanh tra, Công ty TNHH Miza Nghi Sơn đã mở sổ sách kế toán, phản ánh các nghiệp vụ kinh tế phát sinh và lập, gửi báo cáo tài chính theo quy định. Về việc kê khai thuế, nộp thuế, tình hình sử dụng hóa đơn, định kỳ đơn vị đã lập và gửi các tờ khai thuế, báo cáo tình hình sử dụng hoá đơn theo quy định. Công ty chấp hành các quy định về sử dụng hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ.

Ngoài ra, kết luận thanh tra xác định Công ty TNHH Miza Nghi Sơn đã kê khai sai không làm thiếu thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp, nhưng Công ty đã có hành vi vi phạm, quy định tại văn bản quy phạm pháp luật kê khai sai không làm thiếu thuế GTGT, TNDN phải nộp, quy định tại Khoản 3 Điều 16 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn.

Do đó, Cục Thuế Thanh Hóa yêu cầu Công ty TNHH Miza Nghi Sơn nộp ngay số tiền 64.750.000 đồng tiền phạt vào ngân sách Nhà nước khi có quyết định xử lý vi phạm hành chính của Cục Thuế tỉnh Thanh Hóa về việc khai sai không làm thiếu thuế phải nộp. Giảm thuế GTGT còn khấu trừ chuyển kỳ sau là 2.471.600.320 đồng.

Cục Thuế Thanh Hóa đề nghị Công ty TNHH Miza Nghi Sơn chấn chỉnh, khắc phục ngay những vấn đề còn tồn tại, sai sót trong hạch toán kế toán, kê khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế theo đúng quy định của pháp luật thuế, pháp luật kế toán và các văn bản hướng dẫn thi hành.