Cụ thể, Điều 39 Dự thảo Luật Quản lý thuế quy định, người nộp thuế, tổ chức, cá nhân có quyền khiếu nại với cơ quan có thẩm quyền đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan quản lý thuế, người có thẩm quyền của cơ quan quản lý thuế khi có căn cứ cho rằng quyết định hoặc hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của mình. Người khiếu nại được biết trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại trên Cổng thông tin điện tử ngành Thuế theo quy định của pháp luật. 

Cá nhân có quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế, công chức quản lý thuế hoặc tổ chức, cá nhân khác. Thẩm quyền, trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại, tố cáo được thực hiện theo quy định của pháp luật về khiếu nại, tố cáo.

Đối với tranh chấp về thuế có yếu tố nước ngoài giữa người nộp thuế là tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc Việt Nam với cơ quan thuế Việt Nam, liên quan đến nghĩa vụ thuế phát sinh tại Việt Nam hoặc tại nước ngoài có thể được giải quyết thông qua: trình tự, thủ tục khiếu nại theo quy định của pháp luật về khiếu nại; trình tự, thủ tục tố tụng theo quy định của pháp luật về tố tụng hành chính; cơ chế giải quyết tranh chấp được quy định tại Điều ước quốc tế về thuế; hợp đồng, thỏa thuận và bảo lãnh cam kết của Chính phủ và điều ước quốc tế khác mà Việt Nam là thành viên hoặc bên ký kết (nếu có).

Bên cạnh đó, về trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết khiếu nại về thuế, Điều 40 quy định, cơ quan quản lý thuế nhận được khiếu nại về việc thực hiện pháp luật về thuế có quyền yêu cầu người khiếu nại cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan đến việc khiếu nại; nếu người khiếu nại từ chối cung cấp hồ sơ, tài liệu thì có quyền từ chối xem xét giải quyết khiếu nại.

Cơ quan quản lý thuế phải hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thu không đúng cho người nộp thuế, bên thứ ba trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được quyết định xử lý của cơ quan có thẩm quyền.

Đối với vụ việc khiếu nại phức tạp, thủ trưởng cơ quan quản lý thuế là người giải quyết khiếu nại thực hiện tham vấn các cơ quan, tổ chức có liên quan, bao gồm cả khiếu nại lần đầu. Khi thực hiện việc tham vấn, thủ trưởng cơ quan quản lý thuế phải ban hành quyết định thành lập Hội đồng tham vấn. Hội đồng tham vấn hoạt động theo nguyên tắc biểu quyết theo đa số. Kết quả biểu quyết là cơ sở để thủ trưởng cơ quan quản lý thuế tham khảo khi ra quyết định xử lý khiếu nại. Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế là người ra quyết định và chịu trách nhiệm về quyết định xử lý khiếu nại.