Theo Bộ Công an, tại điểm b, khoản 10 và điểm b, khoản 11 của Điều 37 quy định như dự thảo luật là chưa bao quát được trường hợp người nộp thuế không đồng ý với quyết định xử lý vi phạm hành chính của Kiểm toán Nhà nước và cơ quan thanh tra. 

Vì vậy, Bộ Công an đề nghị bổ sung cụm từ “Trường hợp người nộp thuế không đồng ý với quyết định của Kiểm toán Nhà nước, cơ quan thanh tra thì người nộp thuế được quyền khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định của pháp luật" sau cụm từ "ngăn chặn kịp thời" được quy tại điểm b, khoản 10 và điểm b, khoản 11 Điều 37, để phù hợp với quyền khiếu nại của người nộp thuế quy định tại Chương VII.

Bên cạnh đó, UBND TP Hà Nội cũng góp ý về thẩm quyền của cơ quan thanh tra, Kiểm toán Nhà nước khi phát hiện hành vi vi phạm của người nộp thuế. 

Theo đó, UBND thành phố đề nghị quy định trường hợp qua hoạt động thanh tra, kiểm toán tại trụ sở cơ quan quản lý thuế hoặc tại trụ sở người nộp thuế, đoàn thanh tra, kiểm toán phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, hoặc hành vi trốn thuế thì người có thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính trong hoạt động thanh tra, kiểm toán có trách nhiệm xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật để bảo đảm nguyên tắc hành vi vi phạm hành chính được phát hiện, ngăn chặn kịp thời.

Tiếp thu ý kiến đóng góp của Bộ Công an, Bộ Tài chính sẽ hoàn thiện điểm b, khoản 10 và điểm b, khoản 11 của Điều 37 trong Dự thảo Luật Quản lý thuế. Còn với ý kiến của UBND TP Hà Nội, Bộ Tài chính cho biết đã có quy định cụ thể trong Dự thảo Luật Quản lý thuế.