Trước đó, ông Nguyễn Văn Nam bị tố cáo với 12 nội dung vi phạm nghiêm trọng, trong đó có việc lợi dụng tư cách người đứng đầu hạ kết quả thi đua của giáo viên trong hai năm học liên tiếp (năm 2020-2021, 2021-2022).

Sau đó, dựa vào kết quả xếp loại của 2 năm này để đưa giáo viên vào diện tinh giản biên chế (buộc thôi việc) mặc dù bản thân giáo viên luôn hoàn thành công việc chuyên môn, không vi phạm pháp luật.

Đặc biệt, ông Nam còn bị tố cáo nhiều vấn đề về chế độ tài chính như: Chế độ ăn hàng ngày của học sinh, vấn đề học sinh tự nguyện mua dụng cụ lao động. Không chi 12% số tiền thu từ dạy thêm cho đầu tư cơ sở vật chất theo quy định.

Ngoài ra, ông Nam còn bị tố cáo có hành vi lợi dụng chức vụ để trục lợi như: Không dạy vẫn nhận tiền đứng lớp, chỉ đạo tổ chức thu nhiều khoản tiền quỹ hội phụ huynh trái phép.

Sở Giáo dục-Đào tạo (GD&ĐT) tỉnh Đắk Nông sau đó đã thành lập đoàn kiểm tra, xác minh và kết luận có một số nội dung tố cáo đúng nên đã kiến nghị xem xét, xử lý đối với hiệu trưởng và cá nhân có liên quan.

Đầu năm 2023, khi đang giữ chức hiệu trưởng, ông Nguyễn Văn Nam bất ngờ có đơn xin thôi chức và được Sở GD&ĐT tỉnh Đắk Nông chấp thuận.