Theo cáo buộc của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương, sau khi Bộ Quốc phòng giao cho Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển dự toán ngân sách Nhà nước chi cho quản lý hành chính năm 2019 tổng số tiền là 450 tỷ đồng, ngày 8/3/2019, tại phiên họp của Thường vụ Đảng ủy Cảnh sát biển mở rộng đã quyết nghị phân bố cho Cục Kỹ thuật hơn 150 tỷ đồng để tổ chức mua sắm vật tư, thiết bị cung cấp cho các đơn vị.

Cáo trạng cho rằng, bị cáo Nguyễn Văn Sơn đã gặp trao đổi và yêu cầu Nguyễn Văn Hưng, phải rút ra 50 tỷ đồng để chuyển lại cho Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển "sử dụng".

Để tạo điều kiện cho Nguyễn Văn Hưng dễ thực hiện việc rút 50 tỷ đồng, nên trước phiên họp Thường vụ Đảng ủy ngày 26/4/2019, Sơn chỉ đạo Bùi Văn Hòe cắt toàn bộ nguồn kinh phí bảo quản, sửa chữa trang thiết bị của 4 Vùng Cảnh sát biển để phân bổ thêm 29 tỷ đồng cho Cục Kỹ thuật.

Đầu tháng 4/2019, tại phòng ăn của Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển, ông Sơn đã chủ động trao đổi với Hoàng Văn Đồng, Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu và Bùi Trung Dũng về việc chỉ đạo rút 50 tỷ đồng để chi cho các thủ trưởng Bộ Tư lệnh, thì tất cả đều đồng ý.

Ngày 4/5/2019, ông Sơn ký quyết định giao dự toán ngân sách cho Cục Kỹ thuật 179,1 tỷ đồng và tiếp tục yêu cầu Hưng rút lại 50 tỷ đồng để chuyển về cho Bộ Tư lệnh.

Nhận chỉ đạo từ Sơn, bị cáo Hưng yêu cầu 6 trưởng phòng nghiệp vụ thuộc Cục Kỹ thuật phải rút đủ 50 tỷ đồng. Khi bị họ phản ứng là khó, bị cáo Hưng cho rằng "phải xác định việc rút lại 50 tỷ đồng là nhiệm vụ thủ trưởng giao và phải hoàn thành".

Sau đó, mỗi trưởng phòng dưới quyền ông Hưng được giao chỉ tiêu phải rút ruột từ 50 triệu đồng đến 25 tỷ đồng để đủ mức 50 tỷ đồng do Sơn yêu cầu.

Khi có được số tiền này, bị cáo Sơn chia cho mình và Hoàng Văn Đồng, Doãn Bảo Quyết, Phạm Kim Hậu, Bùi Trung Dũng, mỗi người 10 tỷ đồng.

Viện Kiểm sát xác định với 6 trưởng phòng thuộc Cục Kỹ thuật, họ có mối quan hệ lệ thuộc, thực hiện mệnh lệnh cấp trên, không có động cơ vụ lợi và không biết số tiền 50 tỷ đồng sau đó bị chia cá nhân nên không xử lý hình sự.

Trong phiên tòa ngày 27/6, sau hơn hai giờ làm thủ tục khai mạc phiên tòa và nghe đại diện Viện Kiểm sát công bố bản cáo trạng, Hội đồng Xét xử Tòa án Quân sự Thủ đô Hà Nội tiến hành xét hỏi 7 bị cáo trong vụ án đặc biệt nghiêm trọng này.