Theo cáo trạng, tháng 9/2007, UBND tỉnh Phú Yên quyết định giao 1.183m² đất tại lô ô phố A2 đường Hùng Vương, TP Tuy Hòa cho Công ty Cổ phần Pymepharco không qua đấu giá, thời gian sử dụng đất 70 năm. Việc giao đất này để Công ty Cổ phần Pymepharco thực hiện Dự án Trung tâm Kinh doanh Dược, mỹ phẩm và dịch vụ y tế Phú Yên.

Sau khi được cấp gấy chứng nhận quyền sử dụng đất, tháng 6/2008, Công ty Cổ phần Pymepharco không thực hiện dự án trên theo cam kết mà đem thế chấp vay vốn tại ngân hàng.

Đến tháng 9/2010, Công ty Cổ phần Pymepharco đem giấy chứng nhận quyền sử dụng đất trên góp vốn vào Công ty Cổ phần Xuất nhập khẩu Dược Phú Yên.

Tháng 11/2012, ông Đỗ Duy Vinh - Giám đốc Sở Tài chính ký công văn đề nghị UBND tỉnh cho phép Công ty Cổ phần Pymepharco chuyển nhượng quyền dụng thửa đất ô phố A2 cho một ngân hàng khác. Đề nghị này được ông Phạm Đình Cự ký thông báo cho phép, với nội dung để xây trụ sở làm việc, thời hạn sử dụng đất 50 năm.

Tháng 7/2013, Công ty Pymepharco ký hợp đồng chuyển nhượng toàn bộ khu đất trên cho Ngân hàng Ngoại thương - Chi nhánh Phú Yên với giá 16 tỉ đồng. Cáo trạng xác định ông Phạm Đình Cự, ông Đỗ Duy Vinh biết Công ty Cổ phần Pymepharco không thực hiện dự án, thuộc trường hợp phải thu hồi đất.

Tuy nhiên, 2 ông vẫn làm các thủ tục cho doanh nghiệp này chuyển nhượng quyền sử dụng diện tích đất không đúng quy định pháp luật, gây thất thoát tài sản Nhà nước hơn 10 tỉ đồng.