Trong văn bản góp ý, Thanh tra Chính phủ lưu ý, cơ quan soạn thảo cần nghiên cứu, bổ sung quy định phù hợp với đặc thù của Thanh tra Quốc phòng như: Hướng dẫn thanh tra trực tuyến, từ xa dựa trên dữ liệu điện tử; xử lý chồng chéo, trùng lặp giữa một số đơn vị thanh tra trong lực lượng Thanh tra Quốc phòng.

Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị rà soát, chỉnh lý một số điều khoản để bảo đảm tính thống nhất và khả thi, như: Cân nhắc quy định về chức năng, nhiệm vụ của Thanh tra Quốc phòng; bổ sung quy định về việc tuân thủ nguyên tắc hoạt động thanh tra; phân tách quy định về vị trí, chức năng của Thanh tra Quốc phòng quân khu và Thanh tra Quốc phòng - Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội.

Đồng thời, nghiên cứu, xem xét chỉ quy định nội dung chuyển tiếp tại Điều 30 của dự thảo liên quan đến đặc thù của việc chấm dứt hoạt động của các cơ quan thanh tra khác thuộc Thanh tra Quốc phòng trước đây; các quy định về chuyển tiếp khác được thực hiện theo quy định của Luật Thanh tra năm 2025.