Dự thảo Nghị định tập trung vào ba phương thức kiểm tra chính: kiểm tra giảm, kiểm tra thông thường và kiểm tra chặt, cùng với các quy định chi tiết về việc lấy mẫu và xử lý các trường hợp thực phẩm không đạt yêu cầu. Các quy trình này được thiết kế để phù hợp với mức độ rủi ro và lịch sử tuân thủ của từng lô hàng, từ đó tối ưu hóa nguồn lực kiểm soát và đẩy nhanh quá trình thông quan đối với các sản phẩm tuân thủ.

Trình tự kiểm tra đối với trường hợp kiểm tra giảm được áp dụng cho các lô hàng có rủi ro thấp, đã có lịch sử tuân thủ tốt. Để bắt đầu quá trình này, trước hoặc khi hàng về đến cửa khẩu, chủ hàng có trách nhiệm nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra theo quy định tại khoản 1, Điều 19 của Nghị định đến cơ quan hải quan. Sau khi nhận được hồ sơ, trong thời hạn 3 ngày làm việc, cơ quan hải quan sẽ tiến hành kiểm tra hồ sơ và ra thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt hoặc không đạt yêu cầu nhập khẩu theo Mẫu số 03, Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định. Nếu có yêu cầu bổ sung hồ sơ, cơ quan hải quan phải nêu rõ lý do và căn cứ pháp lý của yêu cầu đó. Cuối cùng, chủ hàng sẽ được thông quan hàng hóa khi nhận được thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt yêu cầu nhập khẩu từ cơ quan hải quan.

Phương thức kiểm tra thông thường áp dụng cho các lô hàng có mức độ rủi ro trung bình, yêu cầu kiểm tra toàn diện hơn so với phương thức kiểm tra giảm. Trong quy trình này, chủ hàng nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra theo quy định tại khoản 2, Điều 19 của Nghị định đến cơ quan kiểm tra Nhà nước hoặc qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, trước hoặc khi hàng về đến cửa khẩu. Trong thời hạn 7 ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan kiểm tra Nhà nước sẽ tiến hành kiểm tra theo các quy định tại khoản 2, Điều 19 của Nghị định, sau đó ra thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt hoặc không đạt yêu cầu nhập khẩu theo Mẫu số 03, Phụ lục I. Tương tự, nếu có yêu cầu bổ sung hồ sơ, lý do và căn cứ pháp lý sẽ được nêu rõ. Chủ hàng có trách nhiệm nộp thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt yêu cầu nhập khẩu cho cơ quan hải quan để hoàn tất thủ tục thông quan hàng hóa.

Cuối cùng, phương thức kiểm tra chặt được áp dụng cho các lô hàng có rủi ro cao hoặc có vấn đề về an toàn thực phẩm, đòi hỏi quy trình kiểm tra nghiêm ngặt và chuyên sâu hơn. Chủ hàng nộp hồ sơ đăng ký kiểm tra theo quy định tại khoản 2, Điều 19 của Nghị định đến cơ quan kiểm tra Nhà nước hoặc qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, trước hoặc khi hàng về đến cửa khẩu. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan kiểm tra Nhà nước sẽ tiến hành kiểm tra theo quy định tại khoản 2, Điều 19 của Nghị định. Sau khi hoàn tất kiểm tra, cơ quan này sẽ ra thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt hoặc không đạt yêu cầu nhập khẩu theo Mẫu số 03, Phụ lục I. Nếu yêu cầu bổ sung hồ sơ, phải nêu rõ lý do và căn cứ pháp lý. Chủ hàng có trách nhiệm nộp thông báo kết quả xác nhận thực phẩm đạt yêu cầu nhập khẩu cho cơ quan hải quan để thông quan hàng hóa.

Để đảm bảo tính khách quan và hiệu quả của công tác kiểm tra, đặc biệt là với phương thức kiểm tra chặt, dự thảo Nghị định cũng quy định chi tiết về việc lấy mẫu và các biện pháp xử lý đối với thực phẩm không đạt yêu cầu. Việc lấy mẫu đối với thực phẩm nhập khẩu phải áp dụng phương thức kiểm tra chặt được thực hiện tùy thuộc vào lý do áp dụng phương thức này. Đối với mặt hàng có kết quả kiểm tra nhập khẩu trước đó không đạt, cơ quan kiểm tra sẽ thực hiện kiểm tra hồ sơ và lấy mẫu của toàn bộ các mặt hàng trong lô hàng để kiểm nghiệm các nhóm chỉ tiêu chất lượng, an toàn thực phẩm có trong hồ sơ. Trường hợp mặt hàng không đạt tại lần kiểm tra, thanh tra trước đó, cơ quan kiểm tra sẽ thực hiện kiểm tra hồ sơ và lấy mẫu để kiểm nghiệm chỉ tiêu không đạt theo kết luận của các đoàn thanh tra, kiểm tra trước đó, cùng với các nhóm chỉ tiêu chất lượng, an toàn thực phẩm có trong hồ sơ.

Ngoài ra, đối với những mặt hàng có cảnh báo từ cơ quan có thẩm quyền nước xuất khẩu, cơ quan thẩm quyền của Việt Nam, hoặc do tổ chức, cá nhân chịu trách nhiệm đưa sản phẩm ra thị trường tự phát hiện, cơ quan kiểm tra sẽ thực hiện kiểm tra hồ sơ và lấy mẫu các mặt hàng bị cảnh báo để kiểm nghiệm chỉ tiêu bị cảnh báo, cùng với các nhóm chỉ tiêu chất lượng, an toàn thực phẩm có trong hồ sơ.

Trong trường hợp ra thông báo kết quả xác nhận thực phẩm không đạt yêu cầu nhập khẩu (theo điểm b, khoản 1, điểm b, khoản 2, điểm b, khoản 3, Điều 20), cơ quan hải quan (đối với phương thức kiểm tra giảm) hoặc cơ quan kiểm tra Nhà nước (đối với phương thức kiểm tra thông thường và kiểm tra chặt) sẽ quyết định các biện pháp xử lý theo các hình thức quy định tại khoản 3, Điều 55 Luật An toàn thực phẩm. Đồng thời, cơ quan này phải báo cáo kết quả xử lý thực phẩm không đạt yêu cầu nhập khẩu với bộ quản lý chuyên ngành để có sự theo dõi và chỉ đạo kịp thời.

Một điểm quan trọng khác trong dự thảo Nghị định là quy định đối với các mặt hàng, lô hàng nhập khẩu vừa yêu cầu kiểm dịch và kiểm tra Nhà nước về an toàn thực phẩm, việc thực hiện phải được tiến hành đồng thời. Quy định này nhằm tối ưu hóa quy trình, tránh sự chồng chéo và rút ngắn thời gian thông quan, đồng thời vẫn đảm bảo cả hai yếu tố kiểm soát quan trọng là kiểm dịch và an toàn thực phẩm.