Theo kết luận thanh tra, về công tác CPH, qua thanh tra tại các doanh nghiệp thuộc Bộ GTVT đều phát hiện có tồn tại, vi phạm.

Cụ thể, tại Tổng Công ty (Cty) Đường sắt Việt Nam - TNHH MTV (VNR), theo Thanh tra Chính phủ, Bộ GTVT chỉ đạo CPH các Cty bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt có quy mô nhỏ, phân tán rải rác, tỷ lệ bán cổ phần ra ngoài rất thấp, chủ yếu bán cho người lao động, khiến công tác CPH của 26 đơn vị đều không đạt mục tiêu, yêu cầu, còn tình trạng khép kín trong nội bộ doanh nghiệp không đúng với quy định. Khi xác định giá trị doanh nghiệp các Cty, VNR đã thực hiện trích trước chi phí sửa chữa lớn tài sản cố định với tổng số tiền hơn 69 tỷ đồng cho các cty không đúng với quy định…

Tổng Cty Cảng hàng không Việt Nam - CTCP (ACV), Bộ GTVT phê duyệt giá trị doanh nghiệp để CPH ACV khi chưa hoàn thiện hồ sơ pháp lý của 29 cơ sở nhà đất, chưa có phương án sử dụng đất gửi UBND tỉnh TP trực thuộc Trung ương phê duyệt; phê duyệt giá trị doanh nghiệp khi chưa xử lý dứt điểm quyền sở hữu tài sản cố định trong khu bay nằm trên đất do Cảng vụ Hàng không quản lý và quyền sử dụng đất của doanh nghiệp; xác định lợi thế kinh doanh để tính giá trị doanh nghiệp theo số kế toán sau khi trừ đi tài sản không cần dùng, tài sản chờ thanh lý... chưa đúng theo quy định…

Tổng Cty Hàng không Việt Nam - CTCP (VNA) chưa kịp thời nộp khoản chênh lệch vốn Nhà nước tăng lên do xử lý tài chính trong giai đoạn trước khi chuyển sang Cty cổ phần (chậm 40 tháng) và tiền lãi chậm nộp về Quỹ Hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp; chậm bàn giao tài sản đã loại trừ khi xác định giá trị doanh nghiệp cho Cty TNHH một thành viên Mua bán nợ Việt Nam…

Tổng Cty Hàng hải Việt Nam - THHH MTV (VIMC) xác nhận, đối chiếu không đầy đủ các khoản công nợ phải thu, phải trả khi xác định giá trị doanh nghiệp; chậm quyết toán tài chính CPH ảnh hưởng đến việc xác định vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, chưa thực hiện kiên quyết xử lý những vướng mắc để thực hiện CPH theo đúng kế hoạch tại Cty TNHH một thành viên Cảng Hải Phòng; Cty TNHH một thành viên Cảng Sài Gòn.

Cty mẹ - Cienco 4 khi xác định giá trị doanh nghiệp, không đưa vào tính lợi thế kinh doanh, các khoản lợi nhuận từ hoàn nhập dự phòng đầu tư tài chính, lợi nhuận từ thanh lý Dự án Thủy điện Đa Khai (77.958,7 triệu đồng) và giá trị Quỹ hồ trợ sắp xếp doanh nghiệp mới phát sinh (18.437 triệu đồng) dẫn đến tính thiếu giá trị doanh nghiệp để CPH hơn 6,6 tỷ đồng; đưa lô đất số 19 ngõ 1043 Giải Phóng, quận Hoàng Mai, TP Hà Nội, diện tích 563,4 m2, trả tiền thuê đất hàng năm vào giá trị doanh nghiệp để CPH và 2 lô đất tại TP Hồ Chí Minh với diện tích 908 m2 không theo giá thị trường để xác định giá trị doanh nghiệp CPH là chưa thực hiện đúng với quy định.

Cty mẹ - Cienco 5 phê duyệt Cty Cổ phần Đầu tư Nam Trí tham gia nhà đầu tư chiến lược khi chưa đảm bảo hồ sơ tiêu trí lựa chọn; xác định giá trị doanh nghiệp không đưa công nợ của Cty 506 vào giá trị doanh nghiệp; CPH Cty mẹ - Cienco 5 khi 3 Cty con do Cty mẹ sở hữu 100% vốn điều lệ chưa thực hiện xác định giá trị doanh nghiệp. Khi xử lý tài chính, có một số thiết bị quản lý đã xử lý thanh lý, hủy khi mới đưa vào sử dụng, không đưa vào danh mục thiết bị đang dùng để xác định giá trị doanh nghiệp; không xem xét trách nhiệm cá nhân, tập thể gây nên âm vốn chủ sở hữu tại Cty Xây dựng và Sản xuất vật liệt giao thông 529 hơn 29,8 tỷ đồng, Cty TNHH một thành viên 508 hơn 23,9 tỷ đồng; không xem xét trách nhiệm tập thể, cá nhân đối với việc phát sinh chênh lệch giảm giá trị thực tế phần vốn Nhà nước tại thời điểm chính thức chuyển sang Cty cổ phần với giá trị thực tế phần vốn Nhà nước tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp…

Cty mẹ - Cienco 6 không hoàn thiện hồ sơ pháp lý đối với cơ sở nhà đất của các Cty TNHH nhưng vẫn trình phê duyệt giá trị doanh nghiệp để CPH; chưa thẩm định, xem xét chênh lệch giữa hồ sơ xác định giá trị doanh nghiệp và biên bản bàn giao doanh nghiệp khi thực hiện bàn giao nguyên trạng tại cơ sở nhà đất tại số 497 đường 23/8, phường 8, TP Bạc Liêu, tỉnh Bạc Liêu và cơ sở nhà đất tại số 71 đường Trần Phú, phường Cái Khế, quận Ninh Kiều; thực hiện đồng thời việc CPH 6 đơn vị 100% vốn điều lệ nhưng thời điểm chính thức chuyển sang Cty cổ phần của 6 đơn vị lại không cùng thời điểm xác định với Cty mẹ - Cienco 6; chưa xử lý xong hết các tồn tại về tài chính đối với khoản nợ tiền thuê đất và tiền phạt chậm nộp theo thông báo của Cục Thuế TP cần Thơ.

Cty mẹ - Cienco 8 không phân tích rõ nguyên nhân, xem xét trách nhiệm của tổ chức, cá nhân để bồi thường khi kiểm kê tài sản thiếu tại Chi nhánh phía Nam; xác định giá đất theo sổ sách kế toán mà không xác định giá đất theo giá thị trường để tính vào giá trị doanh nghiệp, đối với cơ sở đất tại khu phố 2, Bình Đa, TP Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai với diện tích 162m2, cần phải rà soát để tính toán đảm bảo theo đúng quy định của pháp luật, không để thất thoát tài sản Nhà nước; xác định giá trị doanh nghiệp để CPH khi 2 Cty con do Cienco 8 chiếm 100% vốn chưa được phê duyệt giá trị doanh nghiệp, chưa có phương án CPH.

Cty mẹ - Tổng Cty Xây dựng Thăng Long chưa đưa đầy đủ giá thị trường 3 căn hộ tại địa chỉ 127B Đinh Tiên Hoàng vào giá trị doanh nghiệp; xác định giá trị đất tại số 4 IF2 Thái Thịnh, quận Đống Đa, Hà Nội, với diện tích là 59,2 m2 thiếu hơn 1,7 tỷ đồng và bán nhà ở gắn liền với đất tại địa chỉ 4 IF2 Thái thịnh theo hình thức chào cạnh tranh là chưa thực hiện đúng với quy định và không đúng với Phương án sử dụng nhà, đất đã được phê duyệt của Bộ GTVT; cơ sở nhà, đất tại địa chỉ số 72 Nguyễn Chí Thanh, phường Láng Thượng, quận Đống Đa, TP Hà Nội có tổng diện tích đất 645,2 m2 cho thuê một phần nhà đất là chưa đúng với phương án CPH được duyệt.

Cty mẹ - Tổng Cty Xây dựng Đường thủy chưa hoàn thành xử lý tồn đọng về tài chính trong hoạt động sản xuất kinh doanh trước CPH đối với gói thầu “thi công nạo vét lần đầu các công trình biển” và gói thầu số 7 thuộc Dự án xây dựng đường cao tốc Bắc - Nam; xác định giá đất theo sổ sách kế toán mà không xác định giá đất theo giá thị trường để tính vào giá trị doanh nghiệp, đối với 2 cơ sở nhà đất tại TP Hồ Chí Minh.

Bệnh viện GTVT là đơn vị sự nghiệp công lập được Bộ GTVT tham mưu cho Thủ tướng Chính phủ thực hiện thí điểm CPH khi chưa tiếp thu đầy đủ ý kiến của các bộ, ngành; lựa chọn nhà đầu tư chiến lược chưa đúng trình tự; không nêu việc không lựa các nhà đầu tư khác cũng như đánh giá nhà đầu tư được lựa chọn so với nhà đầu tư khác, dẫn đến việc hạn chế các nhà đầu tư có nhu cầu, năng lực khác tham gia.

Cty Tranco là doanh nghiệp Nhà nước 100% vốn điều lệ, Bộ GTVT là đại diện chủ sở hữu, trong quá trình sản xuất kinh doanh thua lỗ nhưng Bộ GTVT không chỉ đạo Cty Tranco phối hợp với Cty Mua bán nợ Việt Nam và các chủ nợ của doanh nghiệp xây dựng phương án tái cơ cấu doanh nghiệp trước khi thực hiện phương án bán doanh nghiệp. Tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp có khoản lỗ lũy kế hơn 289,6 tỷ đồng phát sinh từ trước năm 2012; huy động vốn thực hiện dự án không đúng quy định, nhưng Bộ GTVT không chỉ đạo kiểm điểm, xem xét xử lý trách nhiệm và bồi thường của các tổ chức, cá nhân…

Cty Cổ phần Xuất nhập khẩu và Hợp tác Đầu tư GTVT xác định giá trị lô đất tại số 36 đường Bạch Đằng, phường 2, quận Tân Bình, TP Hồ Chí Minh theo giá thị trường do tư vấn xác định nhưng chưa có ý kiến của UBND TP Hồ Chí Minh; chưa phối hợp với UBND tỉnh Khánh Hoà xử lý dứt điểm khu đất tại mỏ đá Cửu Lợi 3, xã Cam Hòa, huyện Cam Lâm, tỉnh Khánh Hòa.

Cty TNHH một thành viên Tư vấn và Xây dựng thực hiện CPH thiếu đồng bộ, không theo trình tự về thời gian; không chỉ đạo Cty TNHH một thành viên Tư vấn xây dựng công trình tổ chức bán đấu giá cổ phần lần đầu nhưng lại có quyết định phê duyệt kết quả thỏa thuận bán cổ phần lần đầu là chưa thực hiện đúng quy định.